İskilip’te Bilinen ilk sağlık kuruluşu ( Şifahane) Meydan Mahallesinde Şeyh Yavsi Camii çevresindeki külliye içinde idi. Bu iki katlı ahşap bina Şeyhülislam İskilip’li Ebussuud Efendi tarafından yaptırılmış bir vakıf olup halkımız burada bulunan tabibler tarafından ücretsiz ( Vakıf gelirleri ile) tedavi edilirdi. 1935 yılına kadar bu binada sağlık hizmeti verilmiştir.
İskilip İlçesi Baha Bey mahallesi Hacı Karani köprüsü girişinde, Çorum caddesi solunda (Şimdiki Özel İdare iş hanının olduğu arsa üzerinde) Kaymakamlık- Belediye işbirliğiyle bodrumlu, iki katlı, geniş bahçeli, ahşap bir bina Sağlık kuruluşu (4 yataklı sağlık merkezi ve Sıtma savaş, hükümet tabipliği) olarak yapıldı. 1945 yılında ilçemizdekurulan polis teşkilatı bu binanınaltında bulunan 2 odaya yerleştirildi.
Hükümet tabipliği bir süre sonra 1953-1955 yılları arasında şimdiki park altındaki halkevinde (Dr. Nizamettin GARİBAĞAOĞLU önderliğinde) Frengi Tarama ve Mücadele, Sıtma Savaş tabiplikleri ile birlikte hizmet verdi.
Meydan mahallesi Kocaoğlan kayası mevkiinde inşaatı 1951 yılında başlayıp dönemin Belediye Başkanı Cevat KÖSTEKCİ ve Çorum Milletvekili Baha KOLDAŞ’ın hassas takibi neticesinde 2 yılda tamamlanan , 10 yataklı İskilip Sağlık Merkezi olarak 14 Mayıs 1952‘de hizmete açıldı.
1952 yılında yapılan 10 Yataklı sağlık merkezi faaliyette iken eski Sağlık Meslek Lisesi’nin kullandığı binanın yerinde yemekhane olarak kullanılan eski bir bina vardı. Bu bina yıkılmaya yüz tutunca, dönemin Başhekimi Cemal ARSAN tarafından “buraya halkın yardımı ile bir hastane binası yapalım” fikri ortaya atıldı. Bu fikir herkes tarafından kabul görünce, İskilip Hastane Yaptırma Derneği kurularak çalışmalarına hemen başladı. Derneğin yönetimine aşağıdaki üyeler seçildi. Dernek Muhasibi Ahmet GÖKÇE, Üyeler Sağlık memuru İbrahim ALTOP, Recep ŞANLI, Yılmaz DEMİREL, Tayyar GÜRHAN, Mustafa USLU, İzzet AKILLI, Metin KALYONCU , Mustafa ÇELİK (Karapakla), Çukur köylü Pehlivan Edip ve Seydi Zobu.
Hastane inşaatında halk bizzat çalışarak elinden gelen bütün gayreti göstermiştir. Ayrıca Ramazan akşamları tombala çekilerek, halktan para toplanarak, muayeneye gelen hastaların refakatçileri bu hastane inşaatında bizzat çalıştırılarak hastane binası büyük sıkıntı ve imkansızlıklara rağmen tamamlanmıştır. Bu şekilde şu anki diyaliz binasında 10 yataklı olarak faaliyet gösteren Sağlık Merkezine 25 yatak daha ilave edilerek İskilip Devlet Hastanesi adını almıştır. Bu binanın ismine de halk arasında “CEMAL ARSAN PAVYONU” adı verilmiştir.
Bu hastane binası zamanla ihtiyaçlara cevap vermekte zorlanınca ilave bina ihtiyacı doğmuştur. 1983 yılında İskilip Devlet Hastanesi Baştabibi Dr. Hilmi ÇEVİKER, Dr. Mustafa SERT, Kaymakamlık ve Belediye’ nin sıkı takip ve istemleri üzerine 1984 yılında Haziran 2018 yılına kadar hizmet veren Hastane ana (eski) binası yatırım programına alınmıştır. 1987 yılında 50 yataklı hastane binası tamamlanarak faaliyete geçmiştir. Cemal ARSAN ek binası yeni 50 yataklı binaya taşınmıştır. Uzun süre boş kalan Cemal ARSAN ek binası İskilip’te açılması kesinleşen ve yer bulunamayan Sağlık Meslek Lisesine tahsis edilmiştir. Sağlık Meslek Lisesi 2005-2006 eğitim yılına kadar burada hizmet vermiştir.
Hastanemizin gelişerek bölge hastanesi durumuna gelmesi, uzman hekimlerin çoğalması, yeni binalara ihtiyacı zaruri kılmıştır. Hastane yönetimi çare olarak Sağlık Meslek Lisesinin boş bulunan İlçe Tarım Müdürlüğü yanındaki binaya taşınmasını teklif etmiş, idarece bu talep uygun görülmüş, bina Belediye tarafından onarılarak Sağlık Meslek Lisesi bu yeni binaya taşınmıştır. Boşalan binanın onarımı hastane döner sermayesince yapılarak 35 yataklı ek bina olarak hizmete sunulmuştur. Bu binada diş polikliniği, diyaliz servisi, çocuk servisi, eczane ve depolar ve poliklinikler hizmet vermiştir.
2011 yılında Yatırım programına alınarak ihalesi yapılan yeni binamız çeşitli nedenlerden dolayı tamamlanması aksaklıklara uğramış, Haziran 2018 yılında Sağlık Bakanımız Sn. Ahmet DEMİRCAN'ın teşrifleriyle hizmete açılmıştır. Eski binalar yıkılarak yeşil alana dönüştürülmüştür.
Hastanemizin ismi 2012 yılında İskilip Atıf Hoca Devlet Hastanesi Olarak Değişmiştir.